一、產學合作計畫所獲得之研發成果，屬科技部補助之部分，除經科技部認定歸屬科技部所有者外，全部歸屬計畫執行機構所有（詳見經費核定清單之研究成果歸屬欄）。其申請專利、辦理技術移轉、專利授權及權益分配等相關事宜，由計畫執行機構依相關法令規定處理，合作企業不得拒絕，並應給予必要之配合及協助。 二、另依科技部補助產學合作研究計畫作業要點第19點之規定，單一合作企業配合款（不含先期技轉金）超過計畫總經費50%者，該產學合作計畫所獲得之研發成果，屬於科技部出資部分所應得者，除經科技部認定歸屬科技部所有者外，全部歸屬計畫執行機構所有。屬合作企業出資部分，由計畫執行機構與合作企業依相關法令規定商議約定之。
依政府科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法第2條第4款規定，「研發成果收入」係指資助機關或執行研究發展之單位因管理及運用研發成果所獲得之授權金、權利金、價金、股權或其他權益。因此，被授權廠商於技轉授權合約中，如有約定繳付或分攤被授權專利之申請或維護等相關費用時，應要把該項費用列入權利金內，並依規定辦理收入繳交事宜。